Mere Hüseyin Paşa, yeniçeri ocağı ağalarından Bektaş Ağa’yı öldürmek istemiş ise de ocaklının ayaklanmasıyla azlolunmuş ve daha sonra sipahileri tahrik ederek Hadım Gürcü Mehmet Paşa’nın yerine ikinci defa sadrâzam olmuştur (1032 Rebiu’l-âhır ve 1623 Şubat).
Mere Hüseyin, bu ikinci sadaretinde şiddetli hareket ile ortalığı sindirmiş ulemanın tertip ettikleri Fatih Camii isyanını bastırmış ve bundan sonra şımarıklığı artarak ve bir kısım yeniçeri ile bostancıları ele alarak bunlar vasıtasıyla fenalıkları tahammül edilmez dereceye gelen sipahileri kırdıracağı bazı adamlarından haber alınması üzerine yeniçeri ve sipahilerin ittifakları neticesinde azlolunarak yerine sabık Bağdat valisi Kemankeş Ali Paşa getirilmiştir (1032 Zilkade ve 1623 Eylül).
Mere Hüseyin Paşa, azlinden 10-11 ay sonra IV. Murat’ın cülusunu müteakip yakalanarak katledilmiştir (1033 Şevval ve 1624 Temmuz) birinci sadareti 21 gün ve ikincisi ise 7 ay kadardır; tarihler ehliyetsiz âdi bir şahıs olduğunu yazarlar kabri Karacaahmed’de miskinlerdedir.
Mere Hüseyin Paşa Genç Osman’ın Yeniçeriler tarafından tahttan indirilerek idam edildiği ve zihin özürlü amcası I. Mustafa’nın ikinci kez tahta geçirildiği anarşi 13 Haziran 1622-8 Temmuz 1622 ve 5 Şubat 1623-30 Ağustos 1623 tarihleri arasında toplam yedi ay on sekiz gün sadrazamlık yapmış bir Osmanlı devlet adamıdır. Osmanlı Devleti tarihinde Türkçe bilmeyen tek sadrazam olduğu rivayet edilir. Lakabının da, kellesini istediği kişiler için söylediği ve Arnavutça “alınız” anlamına gelen “mere” sözcüğünden kaynaklandığı söylenir.